Member 13856644 Ответов: 0

Филосек. Как проверить разницу в изобилии

Библиотека phyoloseq Data= Globalpatterns

GP = filter_taxa(GlobalPatterns, function(x) sum(x > 3) > (0.2*length(x)), TRUE)

Определите категориальную переменную человека и нечеловека и добавьте эту новую переменную в выборку данных:

sample_data(GP)$human = factor( get_variable(GP, "SampleType") %in% c("Feces", "Mock", "Skin", "Tongue") )

Стандартизация обилия до медианной глубины секвенирования

total = median(sample_sums(GP))
standf = function(x, t=total) round(t * (x / sum(x)))
gps = transform_sample_counts(GP, standf)


Отфильтруйте таксоны, используя отсечку 3,0 для коэффициента вариации

gpsf = filter_taxa(gps, function(x) sd(x)/mean(x) > 3.0, TRUE)

    Subset the data to Bacteroidetes, used in some plots
    gpsfb = subset_taxa(gpsf, Phylum=="Bacteroidetes")


Построение графика данных

title = "plot_bar; Bacteroidetes-only"
plot_bar(gpsfb, "SampleType", "Abundance", title=title)


Вопрос: Какой код мне нужно написать, чтобы проверить разницу в обилии Бактериоидетов для конкретного типа образца, такого как фекалии с ect ANOVA с текущим примером?

Что я уже пробовал:

В настоящее время gpsfb является объектом phylseq, так что теперь я потерян

0 Ответов