Как мне найти d-окрестности паттерна k-мер?
Сколько 5-мер находится в 2-окрестности паттерна = TGCAT?
Обратите внимание, что d-окрестность паттерна включает в себя паттерн.
Каким будет окончательное решение
Что я уже пробовал:
chars = " TGCAT"
деф соседи(рисунок, д):
assert(d <= len(pattern))
если d = = 0:
возвращение [шаблон]
r2 = соседи(паттерн[1:], d-2)
r = [c + r3 для r3 в r2 для c в символах, если c != pattern[0]]
if (d < len (pattern)):
r2 = соседи(паттерн[1:], d)
r + = [pattern[0] + r3 для r3 в r2]
возвращение Р
Richard MacCutchan
У вас есть вопрос?
Member 13469592
Я могу скомпилировать код, но не могу просмотреть выходные данные . Я не уверен, что это имеет какое-то отношение к коду, не могли бы вы поделиться выводом, если вы можете его просмотреть ? Я был бы вам очень признателен.
Richard MacCutchan
Там нет выхода для просмотра. Вы все еще не объяснили, в чем проблема.
Member 13469592
Это образец для ACGT, d=1. Этот код работает, а вышеприведенный-нет.
chars = " ACGT"
деф соседи(рисунок, д):
assert(d <= len(pattern))
если d = = 0:
возвращение [шаблон]
r2 = соседи(паттерн[1:], d-1)
r = [c + r3 для r3 в r2 для c в символах, если c != pattern[0]]
if (d < len (pattern)):
r2 = соседи(паттерн[1:], d)
r + = [pattern[0] + r3 для r3 в r2]
возвращение Р