MadMyche
Это сделано специально. Код, который находится в папке, будет скомпилирован в проекты DLL
файл, который будет находиться в BIN
папка.
Вы можете прочитать больше об этой структуре по адресу ASP.NET структура папок веб-проекта[^]
Вот та часть, которая имеет отношение к вашему вопросу:
App_Code Contains source code for shared classes and business objects (for example, ..cs, and .vb files) that you want to compile as part of your application. In a dynamically compiled Web site project, ASP.NET compiles the code in the App_Code folder on the initial request to your application. Items in this folder are then recompiled when any changes are detected.
Note: You can add any type of class file to the App_Code folder in order to create strongly typed objects that represent those classes. For example, if you put Web service files (.wsdl and .xsd files) in the App_Code folder, ASP.NET creates strongly typed proxies for those classes.